Universitas Pembangunan Nasional "Veteran" Yogyakarta, pada awal mulanya bernama Akademi Pembangunan Nasional "Veteran" dan merupakan Akademi Kedinasan, yang berdiri pada tanggal 15 Desember 1958 di bawah Kementerian Urusan Veteran Rl, dengan tiga program studi, yaitu:
- Geologi Pertambangan
- Ekonomi Pertanian
- Teknologi Perusahaan
Kuliah pertama diselenggarakan di gedung Sekolah Teknologi Menengah Atas (STMA) Jl. Kusumanegara 1 Yogyakarta, kemudian di kampus Jalan Jalagran 33 dan Jl. Ketandan Wetan 22 Yogyakarta.
Dalam perkembangannya, berdasarkan Keputusan Bersama Menteri Urusan Veteran dan Demobilisasi dengan Menteri Perguruan Tinggi dan llmu Pengetahuan Nomor: 140/KPTS/1965, sejak 30 Juli 1965 APN ditingkatkan menjadi Perguruan Tinggi Pembangunan Nasional (PTPN) "Veteran" masih berstatus perguruan tinggi kedinasan, dengan 6 fakultas, yaitu:
- Teknik Geologi
- Teknik Pertambangan
- Teknik Perminyakan
- Teknik Kimia
- Pertanian
- Ekonomi.
Dengan demikian Program studi Geologi Pertambangan dikembangkan menjadi 3 Fakultas yaitu Teknik Geologi, Teknik Perminyakan, dan Teknik Pertambangan. Kuliah pertama Fakultas Teknik Perminyakan dan Fakultas Teknik Pertambangan dimulai pada pertengahan Agustus 1966, sedangkan Fakultas Teknik Geologi pada awal Januari 1967.
Pada tanggal 15 Desember 1977, bersamaan dengan Dies Natalis XIX, berdasarkan Skep Menhankam Rl nomor: Skep/1555/XI/1977 tanggal 30 Nopember 1977 PTPN "Veteran" Yogyakarta diubah menjadi Universitas Pembangunan Nasional (UPN) "Veteran" Yogyakarta di bawah naungan Departemen Pertahanan Keamanan Rl, dengan jumlah Fakultas tidak mengalami perubahan.
Selanjutnya berdasarkan Keputusan Menhankam Rl nomor: Kep/01/11/ 1993 (27-2-1993), tiga fakultas yaitu Teknik Geologi, Teknik Pertambangan, dan Teknik Perminyakan ditata kembali dan disesuaikan dengan susunan organisasi UPN "Veteran" Yogyakarta yang baru, menjadi satu fakultas, yaitu FAKULTAS TEKNOLOGI MINERAL (FTM) yang memiliki tiga program studi, yaitu: Program studi Teknik Geologi (TG), Program studi Teknik Pertambangan (TA), dan Program studi Teknik Perminyakan (TM).
Sejak tanggal 1 April 1995 berdasarkan Keputusan Bersama Menteri Pendidikan dan Kebudayaan dan Menteri Pertahanan Keamanan Rl nomor: Kep/10/XI/1994 0307/0/1994 tanggal 29 Nopember 1994, UPN "Veteran" Yogyakarta beralih status dari Perguruan Tinggi Kedinasan (PTK) di bawah Departemen Pertahanan Keamanan Rl menjadi Perguruan Tinggi Swasta (PTS) di bawah Yayasan Kejuangan Panglima Besar Sudirman (YKPBS) yang kemudian dialihkan ke Yayasan YKP dan terakhir dibawah YKPP yang semuanya dalam lingkup Kemenhan. Dimasa ini, Fakultas Teknologi Mineral mendapatkan penambahan dua prodi baru (S-1) yaitu Prodi Teknik Lingkungan dan Prodi Teknik Geofisika. Prodi Teknik Lingkungan dibuka berdasarkan Surat Ijin Dirjen Dikti No. 15932/D/2002, tanggal 2 Agustus 2002 dan perkuliahan dimulai pada tahun akademik 2002/2003. Sedangkan Prodi Teknik Geofisika dibuka berdasarkan Surat Ijin Dirjen Dikti No.479/D/T/2003, tanggal 13 Maret 2003 dan perkuliahan dimulai pada tahun akademik 2003/2004.
Dengan rahmad Allah SWT, Tuhan yang Maha Esa pada akhir tahun 2014, melalui Perpres No. 121 tahun 2014 atau dalam Lembaran Negara Republik Indonesia Tahun 2014 No. 250, UPN ”Veteran” Yogyakarta dijadikan Perguruan Tinggi Negeri di Indonesia. Semua prodi di dalamnya menjadi bagian dari Perguruan Tinggi Negeri. Peraturan Presiden tersebut ditanda tangani oleh Presiden Dr. H. Susilo Bambang Yudhoyono di Surabaya pada tanggal 6 Oktober 2014. Sejak itu Sistem Penerimaan Mahasiswa Baru UPN mengikuti Pola Penerimaan Mahasiswa Baru Pemerintah Republik Indonesia dengan Jalur Seleksi Bersama dan Seleksi Mandiri pada tahun 2015 sedangkan Seleksi Nasional diadakan pada tahun 2016. Di Tahun 2017, Fakultas Teknologi Mineral mendapatkan penambahan satu program studi baru, yaitu Program Sarjana Teknik Metalurgi. Kemudian di tahun 2018, mendapat tambahan lagi dua program studi baru yaitu Program sarjana Teknik Geomatika dan Program Magister Teknik Perminyakan. Puji syukur kehadirat Tuhan Yang Maha Esa, semua prodi di lingkungan FTM terakreditasi B selain Program Studi Sarjana Teknik Geologi, Program Studi Sarjana Teknik Pertambangan dan Program Studi Sarjana Teknik Perminyakan yang telah terakreditasi A.
Saat ini selain program Sarjana (S-1), FTM juga menyelenggarakan program Magister (S-2) dan Program Doktor (S3), yaitu:
- Program Sarjana Teknik Geologi dengan akreditasi Unggul
- Program Sarjana Teknik Pertambangan dengan akreditasi Unggul
- Program Sarjana Teknik Perminyakan dengan akreditasi Unggul
- Program Sarjana Teknik Geofisika dengan akreditasi A
- Program Sarjana Teknik Lingkungan dengan akreditasi Baik Sekali
- Program Sarjana Teknik Metalurgi dengan terakreditasi Baik Sekali
- Program Sarjana Teknik Geomatika dengan terakreditasi Baik
- Magister Teknik Pertambangan dengan akreditasi Baik Sekali
- Program Magister Teknik Geologi dengan akreditasi Baik Sekali
- Program Magister Manajemen Bencana dengan akreditasi B
- Program Magister Teknik Perminyakan dengan terakreditasi Baik
- Program Doktor Teknik Geologi dengan terakreditasi Baik